Chẩn đoán bệnh balantidiasis là một quá trình phức tạp. Tuy nhiên, chẩn đoán bệnh balantidzheim có thể được xem xét khi bệnh nhân bị tiêu chảy kết hợp với tiền sử tiếp xúc với amíp khi đi du lịch, tiếp xúc với người bị nhiễm bệnh hoặc quan hệ tình dục qua đường hậu môn.[3] Ngoài ra, chẩn đoán bệnh balantidiasis có thể được thực hiện bằng cách kiểm tra bằng kính hiển vi của mẫu phân hoặc mô.[4]